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      2. 基于結構的藥物發現

      基于結構的藥物發現

      成都先導擁有一支經驗豐富的計算科學團隊,運用基于結構的藥物設計技術進行藥物發現項目。我們的能力包括虛擬篩選、靶點柔性采樣、骨架躍遷和從頭設計等手段通過晶體結構預測和優化小分子在蛋白結構中的結合模式,預估配體與靶蛋白間的親和力。


      • 利用晶體結構預測和優化小分子在蛋白結構中的結合模式,預估配體對靶標蛋白的親和力,如果沒有晶體數據,我們可依據該靶標的序列信息和同組蛋白的結構進行同源建模以及模型優化

      • 靶標的柔性在分子對接中不可忽視,我們采用誘導契合對接和分子動力學模擬手段可獲得多樣化的蛋白質構象,解決晶體結構缺乏柔性的問題

      • 通過篩選同系列的小分子可實現先導化合物的優化,對R基團的構象進行采樣和優化可提升預測結合模式的準確性。量子力學(QM)計算和分子動力學(MD)模擬可預測出化合物構象的穩定態及柔性,更好的理解化合物與靶標的結合模式

      • 應用多種骨架躍遷方法產生具備新專利的化合物集合,改善化合物的屬性

      • 溶劑化作用在對接過程中對溶解度高的配體特別重要,我們可以有效地結合溶質、溶劑化能來優化結合親和力,更準確地預測出化合物“天然”結合模式

      • 基于片段的藥物設計(FBDD)是對SBDD的進一步補充。雖然化合物片段與蛋白質靶標的結合能力比較差,但它們往往能發現配體-受體的關鍵相互作用,為化合物設計提供良好起點

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